Al igual que la colección de entomología (IAvH-E) nace con el Instituto Alexander Von Humboldt, inicialmente era una sola colección, pero ante el crecimiento de esta se hiso necesario separarla en 2012 para un mejor manejo curadorial.

Esta colección cuenta con diferentes métodos de preservación de especímenes debido a la variedad de formas y tamaños que encontramos en los especímenes objetos de colección. Actualmente la colección cuenta con cuatro filos (Annelida, Arthropoda, Mollusca y Porifera). De los cuatro filos, el de mayor representatividad es Athropoda con el 63.27% de los especímenes depositados. Por otro lado, un total de 9 clases, 30 órdenes, 81 familias y 122 géneros conforman la diversidad de los filos en la colección.

La representatividad geográfica incluye los 32 departamentos y otras áreas del país, tanto continental como insular. Algunos grupos taxonómicos constituyen la más completa colección en el país, tal es el caso de el filo Porifera (esponjas) que con 680 registros representa la diversidad del grupo en regiones tan importantes como la Amazonía y Orinoquia. Esta colección es muy dinámica, en los últimos años esperamos que haya un crecimiento significativo que contribuya  al conocimiento de la biodiversidad de estos grupos, los cuales son pocos conocidos en el país, pero con amenazas tan grandes como la deforestación y cambio climático, que ponen con algún grado de vulnerabilidad sus poblaciones.